搭乗者:綾波レイ。最初に製作されたプロトタイプ(試作機)で実戦投入の予定もなく、そのため肩部ウェポンラックなどの装備もされていない。
第5使徒ラミエル襲来直前に凍結解除して起動に成功、『ヤシマ作戦』に投入され、大破。

搭乗者:綾波レイ。弐号機と同じ形状の装甲板と肩部ウェポンラックを取り付け機体色も青に変更する改装を施され、第9使徒マトリエル戦から実戦配備された。
第16使徒アルミサエル戦において、使徒もろとも自爆。

搭乗者:碇シンジ。EVAシリーズの中でリリスより製作された唯一の機体でテストタイプ(実験機)。
搭乗者の生命に危機が迫ると、たとえバッテリー切れの状態であっても突如コアが反応して搭乗者の意思に関係無く暴走する。

搭乗者:惣流・アスカ・ラングレー。アダムより製作された、エヴァンゲリオンの量産化を前提として開発された先行量産機。
フルパワー時には頭部拘束具が一部展開、素体の4つ目を露わにする。

搭乗者:鈴原トウジ。アダムより製作された。米国NERV第1支部製。 頭部以外は弐号機と同じで、頭部は角が無い以外は初号機と似ている。
第13使徒バルディエルに寄生され、使徒として覚醒。初号機との戦闘の末、原形を留めないほどに破壊される。

アダムより製作された。米国NERV第2支部でのS²(スーパーソレノイド)機関の暴走により、周りの関連研究施設と共に消滅してしまう。
TVシリーズでは外観描写は無いが、形状は3号機と同一であり、カラーリングのみシルバーと異なる。

搭乗者:ダミープラグ(システムタイプ:KAWORU)。アダムより製作された9体の量産型機でカヲルがベースとなったダミープラグにより稼働。
S²機関を搭載。収納展開が自在な翼を背面に内蔵しており自力飛行が可能。携帯武器は諸刃の剣(脚本では槍)であるが、これはロンギヌスの槍(コピー)に変形する。